دوره 10، شماره 28 - ( زمستان97 1397 )                   جلد 10 شماره 28 صفحات 101-109 | برگشت به فهرست نسخه ها


XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

daneshvar Z, saeidi A, Beyrami Zadeh E. Comparison of the Performance of SCoT and RAPD Markers for Study of Genetic Diversity and Relationships of Anthurium (Anthurium andreanum) Cultivars. jcb. 2018; 10 (28) :101-109
URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-775-fa.html
دانشور زهرا، سعیدی عباس، بیرامی زاده ابراهیم. مقایسه کارایی نشانگرهای RAPD وSCoT در تعیین تنوع ژنتیکی ارقام آنتوریوم (Anthurium andreanum) و تعیین روابط ژنتیکی بین آنها. پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی. 1397; 10 (28) :101-109

URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-775-fa.html


دانشگاه شهید بهشتی
چکیده:   (698 مشاهده)

بررسی تنوع ژنتیکی برای انجام برنامه­ های اصلاحی ضروری می­ باشد. به­منظور بررسی تنوع ژنتیکی ۱۰ رقم آنتوریومA. andreanum  از هفت نشانگر SCoT و ۴۰ نشانگر  RAPDاستفاده شد که در این مجموعه ۲۲ نشانگر RAPD و تمامی نشانگر­های SCoT  چند شکلی نشان دادند. ماتریس فاصله ژنتیکی در محدوده ‏ای بین 01/0 تا 37/0  برای نشانگر RAPD و بین 02/0 تا 52/0 برای نشانگر SCoT محاسبه گردید. درصد چند شکلی نشانگرهای RAPD و نشانگر SCoT، ۱۰۰ درصد برآورد گردید که تقریباً مشابه بودند. به منظور بررسی روابط ژنتیکی از تجزیه خوشه­ای با روش Neighbor-Joining و با استفاده از نرم ­افزار Splits tree انجام شد. نشانگرهای RAPD و SCoT ارقام را به سه گروه تقسیم­بندی نمودند. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که نشانگر  SCoT نسبت به نشانگر RAPD با وضوح و تفکیک ­پذیری بالایی در شناسایی اطلاعات ژنومی دارد. این اولین گزارش آنالیز تنوع ژنتیکی آنتوریوم با استفاده از نشانگر SCoT بود. در مجموع، نتایج نشان داد که این نشانگرها اطلاعات سودمندی را برای محافظت منابع ژرم­پلاسم آنتوریوم فراهم می­ کنند و همچنین برای برنامه­ های اصلاح نباتات مفید می ­باشند.

متن کامل [PDF 2877 kb]   (224 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بيوتكنولوژي گياهي
دریافت: ۱۳۹۶/۳/۲۱ | ویرایش نهایی: ۱۳۹۷/۱۲/۱۱ | پذیرش: ۱۳۹۶/۹/۱۱ | انتشار: ۱۳۹۷/۱۲/۱۱

فهرست منابع
1. Al-Qurainy, F., S. Khan, M. Nadeem and M. Tarroum. 2015. SCoT marker for the assessment of genetic diversity in saudi arabian date palm cultivars, Pakistan Journal of Botany, 47(2): 637-643.
2. Andersen, J.R. and T. Lubberstedt. 2003. Functional markers in plants. Trends in Plant Science, 8: 554-560. [DOI:10.1016/j.tplants.2003.09.010]
3. Collard, B.Y. and D. Mackill. 2009. Start Codon Targeted (SCoT) Polymorphism: A Simple, Novel DNA Marker Technique for Generating Gene-Targeted Markers in Plants. Plant Molecular Biology Reporter, 27(1): 86-93. [DOI:10.1007/s11105-008-0060-5]
4. Escudero, A., J.M. Iriondo and M.E. Torres. 2003. Spatial analysis of genetic diversity as a tool for plant conservation. Biological Conservation, 113: 351-365. [DOI:10.1016/S0006-3207(03)00122-8]
5. Feghhi, S.M.A., P. Norouzi, A. Saidi, K. Zamani and R. Amiri. 2012. Identification of SCAR and RAPD markers linked to Rz1 gene in Holly sugar beet using BSA and two genetic distance estimation methods. Electronic Journal of Plant Breeding, 3: 598-605.
6. Ghareyazi, B. 1996. Application of DNA markers in plant breeding. Proceedings of the 4th Iranian Congress on Crop Production and Plant Breeding, Isfahan, Iran, 26-31 (In Persian).
7. Ghorbani Jamalabadi, J., A. Saidi, E. Karami, M. Kharkesh and R. Talebi. 2013. Molecular Mapping and Characterization of Genes Governing Time to Flowering, Seed Weight and Plant Height in an Intraspecific Genetic Linkage Map of Chickpea (Cicer arietinum). Biochemal Genetic, 387-397. [DOI:10.1007/s10528-013-9571-3]
8. Gorji, A.M., P. Poczai, Z. Polgar and J. Taller. 2011. Efficiency of arbitrarily amplified dominant markers (SCoT, ISSR and RAPD) for diagnostic fingerprinting in tetraploid potato. American Journal of Potato Research, 88: 226-237. [DOI:10.1007/s12230-011-9187-2]
9. Govaerts, R., G. Frodin, J. Bogner, P. Boyce, B. Cosgriff, T.B. Croat, E.G. Gonçalves, M. Gayum, A. Hay, W. Hetterscheid, E. Landolt, S.J. Mayo, J. Murata, V.D. Nguyen, C.M. Sakuragui, Y. Singh, S. Thompson and G. Zhu. 2002. World checklist and bibliography of Araceae (and Acoraceae). Kew: Royal Botanic Garden, 560 pp.
10. Hajibarat, Z., A. Saidi and R. Talebi. 2016. Evaluation of Genetic Diversity of Chickpea (Cicer arietinum L.) Genotypes Based on Morphological Traits and CDDP and SCoT Markers. Seed and plant improvement journal, 32(2): 201-214 (In Persian).
11. Iruela, M., J.I. Rubio, J. Cubero, T. Gil and Milla'n. 2002. Phylogenetic analysis in the genus Cicer and cultivated chickpea using RAPD and ISSR markers. Theoretical and Applied Genetics, 104: 643-651. [DOI:10.1007/s001220100751]
12. Karami E., R. Talebi, M. Kharkesh and A. Saidi. 2015. A Linkage map of chickpea (Cicer arietinum L.) based on population from ILC3279×ILC588 crossess: location of genes for time to flowering of, seed size and plant height. Genetika, 47(1): 253-263. [DOI:10.2298/GENSR1501253K]
13. Luo, C. 2012. Genetic relationship and diversity of Mangifera indica L.: revealed through SCoT analysis. Genetic Resources and Crop Evolution, 59(7): 1505-1515. [DOI:10.1007/s10722-011-9779-1]
14. Mohammadi, S. and B.M. Prasanna. 2003. Analysis of genetic diversity in crop plant-salient statistical tools and consideration. Crop Science, 43: 1235-1248. [DOI:10.2135/cropsci2003.1235]
15. Naghavi, M., B. Ghareyazi and B.C. Hosseini Salak Deh. 2008. The start of molecular markers, 1045, Tehran University Press (In Persian).
16. Nebaure, S.G., L. Castillo-Agudo and J. Segura. 1999. RAPD variation within and among natural populations of outcrossing willow-leaved faxglove (Digitalis obscura L.). Theoretical and Applied Genetics, 98: 985-994. [DOI:10.1007/s001220051159]
17. Noormohammadi, Z., A. Fasihee, S. Homaee-Rashidpoor, M. Sheidai, S. Ghasemzadeh Baraki, A. Mazooji and S.Z. Tabatabaee-Ardakani. 2012. Genetic variation among Iranian pomegranates (Punica granatum L.) using RAPD, ISSR and SSR markers. Australian Journal of Crop Science, 6: 268-275.
18. Pandey, S., S. Kumar, U. Mishra, A. Rai, M. Singh and M. Rai. 2008. Genetic diversity in Indian ash gourd (Benincasa hispida) accessions as revealed by quantitative traits and RAPD markers. Scientia Horticulturae, 118: 80-86. [DOI:10.1016/j.scienta.2008.05.031]
19. Rabiei, V., M .Saadati, J. Azimkhani and R.S. Mohammadi. 2012. An Investigation of the Genetic Diversity of Pomegranate Genotypes Prevailent in Tarume-Zanjan Using RAPD Markers. Iranian Gournal of Horticulture sciences, 44(10): 109-118.
20. Ranamukhaarachchi, D.G., R.J. Henny, C.L. Guy and Q.B. Li .2001. DNA fingerprinting to identify nine Anthurium pot plant cultivars and examine their genetic relationship. HortScience, 36(4): 758-760. [DOI:10.21273/HORTSCI.36.4.758]
21. Roldan-Ruiz, I., J. Dendauw, E .Van Bockstaele, A. Depicker and M. De Loose. 2000. AFLP markers reveal high polymorphic rates in ryegrasses (Lolium spp.). Molecular Breeding, 6: 125-134. [DOI:10.1023/A:1009680614564]
22. Saghai-Maroof, M.A., K M. Soliman, R.A. Jorgensen and R.W. Allard.1984. Ribosomal DNA spacer-length polymorphisms in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location and population dymnamics. Proc Natl Acad Sci USA, 81: 8014-8018. [DOI:10.1073/pnas.81.24.8014]
23. Sedaghati, B., N. Babaeian, N. Bagheri and H. Salehian Aghblaq. 2015. Effect of Leaf Explants Types and Various Levels of 2, 4 -D on Callus Induction and Plant Regeneration in Anthurium andraeanum. Journal of Crop Breeding, 16: 1-15 (In Persian).
24. Satya, P., M. Karan, S. Jana, S. Mitra, A. Sharma, P.G. Karmakar and D.P. Ray. 2015. Start codon targeted (SCoT) polymorphism reveals genetic diversity in wild and domesticated populations of ramie (Boehmeria nivea L. Gaudich.), a premium textile fiber producing species. Meta gene, 3: 62-70. [DOI:10.1016/j.mgene.2015.01.003]
25. Stancato, G.C. and M.L.S. Tucci. 2010. Monitoring the end of the in vitro phase of Anthurium andreanum Lindl. plantlets. Brazilian Journal of Plant Physiology, 22: 61-68. [DOI:10.1590/S1677-04202010000100007]
26. Upadhya, A., K. Jayadev, R. Manimekalai and V.A. Parthasarathy. 2004. Genetic relationship and diversity in Indian account accessions based on RAPD markers. Scientia Horticulturae, 99: 353-362. [DOI:10.1016/S0304-4238(03)00103-1]
27. Wang, Q., B. Zhang and G. Lu .2009. Conserved region amplification polymorphism (CoRAP), a novel marker technique for plant genotyping in Salvia miltiorrhiza. Plant Molecular Biology Reporter, 27: 139-143. [DOI:10.1007/s11105-008-0065-0]
28. Zali, H., O. Sofalian, T. Hasanloo, A. Asgharii and M. Zeinalabedini. 2016. Drought stress effect physiological parameter and amino acids accumulations in canola. Journal of Crop Breeding, 8: 191-203 (In Persian). [DOI:10.29252/jcb.8.18.191]

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2020 All Rights Reserved | Journal of Crop Breeding

Designed & Developed by : Yektaweb