دوره 11، شماره 29 - ( بهار 1398 )                   جلد 11 شماره 29 صفحات 29-39 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

jomeh ghasem abadi Z, fakheri B, fazeli-nasab B. Study of the Molecular Diversity of Internal Transcribed Spacer Region (ITS1.4) in Some Lettuce Genotypes. jcb. 2019; 11 (29) :29-39
URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-969-fa.html
جمعه قاسم آبادی زهرا، فاخری براتعلی، فاضلی نسب بهمن. بررسی تنوع مولکولی نواحی فاصله انداز رونویسی شونده داخلی (ITS1,4) در برخی ژنوتیپ های کاهو. پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی. 1398; 11 (29) :29-39

URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-969-fa.html


پژوهشکده کشاورزی پژوهشگاه دانشگاه زابل، زابل
چکیده:   (312 مشاهده)
کاهو از خانواده کاسنیان، برگی، سرمادوست یک‌ساله، غنی از مواد معدنی، ویتامین­ ها و مواد مغذی است. هدف تحقیق حاضر ارزیابی تنوع ژنتیکی 15 رقم و جمعیت کاهو با استفاده از ناحیه ITS بود. کیفیت توالی‌ها با استفاده از نرم‌افزار Chromas 2.1.1 بررسی و سپس با روش ClustalW توسط نرم‌افزار MegAlign 5 هم‌ردیف سازی شده و دندروگرام روابط تبار­زایی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی‌ها ترسیم گردیدند. همچنین مقایسه ­ای بین کاهوهای مورد استفاده در این تحقیق و سایر گیاهان جنس‌های مختلف خانواده کاسنیان (ارائه‌شده در سایت NCBI) صورت گرفت. مقدار عددی نسبت (dNdS) برابر 015/0 بود که نشان‌دهنده انتخاب خالص بر ژن مورد بررسی بوده و باعث تغییرات کلیدی نشده است. تجزیه خوشه‌ای، ژنوتیپ­ های مختلف کاهو را در 3 گروه تقسیم و نتوانست بر اساس موقعیت جغرافیایی از هم تفکیک کند؛ اما توانست کاهوهای این تحقیق و سایر گیاهان جنس‌های مختلف خانواده کاسنیان را از هم تفکیک کند. لذا می‌توان نتیجه گرفت که ITS می‌تواند ابزاری مناسب جهت ارزیابی‌های ژنتیکی بین‌گونه‌ای و بین جنسی باشد. کمتر از یک بودن عدد dNdS و تعداد کم جایگاه‌های حذف و اضافه (از 1551 جایگاه، 376) نشان‌دهنده تغییرات کم بین لاین‌های مختلف بوده لذا شاید عدم توانایی ITS در تفکیک درون گونه‌ای جمعیت‌ها به همین دلیل باشد. با توجه به اینکه منشأ یا خواستگاه اولیه گیاهان متعلق به مراکزی است که بیشترین تنوع را دارند و چون جمعیت­ های کاهو ورزنه اصفهان دارای بیشترین تنوع بودند در نتیجه ضرورت دارد در جمع­ آوری ژرم­ پلاسم ­های کاهو جهت بهره‌برداری‌های اصلاح نژادی به منطقه ورزنه اصفهان توجه بیشتری شود.
واژه‌های کلیدی: کاهو، تنوع ژنتیکی، ITS، dN/dS
متن کامل [PDF 1128 kb]   (134 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بيوتكنولوژي گياهي
دریافت: ۱۳۹۷/۲/۳۱ | ویرایش نهایی: ۱۳۹۸/۲/۲۴ | پذیرش: ۱۳۹۷/۶/۳ | انتشار: ۱۳۹۸/۲/۱۸

فهرست منابع
1. Aćamović-Đoković, G., R. Pavlović, J. Mladenović and M. Đurić. 2011. Vitamin C content of different types of lettuce varieties. Acta Agriculturae Serbica, 16(32): 83-89.
2. Adams, M.D., J.M. Kelley, J.D. Gocayne, M. Dubnick, M.H. Polymeropoulos, H. Xiao, C.R. Merril, A. Wu, B. Olde and R.F. Moreno. 1991. Complementary DNA sequencing: expressed sequence tags and human genome project. Science, 252: 1651-1656. [DOI:10.1126/science.2047873]
3. Adlard, R.D., S.C. Barker, D. Blair and T.H. Cribb. 1993. Comparison of the second internal transcribed spacer (ribosomal DNA) from populations and species of Fasciolidae (Digenea). International journal for parasitology, 23(3): 423-425. [DOI:10.1016/0020-7519(93)90022-Q]
4. Azimzade, M., R. Amir, M.H. Osare, M.R. Bihamta and M. Frotan. 2014. Evaluation of genetic diversity of Iranian Cumin (Bunium persicum Boiss) of nuclear ribosomal DNA using ITS. The Journal of Genetic Research and plant breeding pasture and forest, 22(1): 1-10.
5. Bahari, Z., A. Shojaeiyan, S. Rashidi Monfared, A. Mirshekari, K. Nasiri and M. Amiriyan. 2015. Investigation of Genetic Diversity among Some Iranian Dill (Anethum graveolens L.) Landraces, Using ISSR Markers. Journal of Plant Genetic Research, 2(1): 11-22. [DOI:10.29252/pgr.2.1.11]
6. Balasaravanan, T., P. Chezhian, R. Kamalakannan, R. Yasodha, M. Varghese, K. Gurumurthi and M. Ghosh. 2006. Identification of species-diagnostic ISSR markers for six Eucalyptus species. Silvae Genetica, 55(3): 119-122. [DOI:10.1515/sg-2006-0017]
7. Bartha, C. 2012. Comparative Study of Physiological and Molecular Manifestations of Salt Stress Tolerance in Different Intraspecific Varieties of Lactuca Sativa L. Biology PH. D. School, Babes-Bolyai" University, Faculty of Biology and Geology, 100 Pages
8. Blaxter, M. 2003. Molecular systematics: counting angels with DNA. Nature, 421: 122-124. [DOI:10.1038/421122a]
9. Cubeta, M.A., R. Vilgalys and D. Gonzalez. 1996. Molecular analysis of ribosomal RNA genes in Rhizoctonia fungi, , Rhizoctonia Species: Taxonomy, Molecular Biology, Ecology, Pathology and Disease Control. Springer, 81-86. [DOI:10.1007/978-94-017-2901-7_7]
10. Cunnington, J.H., A.C. Lawrie and I.G. Pascoe. 2004. Unexpected ribosomal DNA internal transcribed spacer sequence variation within Erysiphe aquilegiae sensu lato. Fungal Diversity, 161-10.
11. De Vries, I. 1997. Origin and domestication of Lactuca sativa L. Genetic resources and crop evolution, 44(2): 165-174. [DOI:10.1023/A:1008611200727]
12. Dehdashtian, Z., M.R. Wahabi, M. Fazilati, K. Ghaedi and A. Salamian. 2011. Analysis of the Genetic Diversity of Astragalus Gossypinus Population in Isfahan. Genetics in the 3rd Millennium, 9(3): 2474-2467.
13. Dellaporta, S.L., J. Wood and J.B. Hicks. 1983. A plant DNA minipreparation: version II. Plant molecular biology reporter, 1(4): 19-21. DOI: 10.1007/BF02712670 [DOI:10.1007/BF02712670]
14. Druzhinina, I,S., A,G. Kopchinskiy, M. Komoń, J. Bissett, G. Szakacs and C.P. Kubicek. 2005. An oligonucleotide barcode for species identification in Trichoderma and Hypocrea. Fungal Genetics and Biology, 42(10): 813-828. [DOI:10.1016/j.fgb.2005.06.007]
15. Feliner, G.N., and J.A. Rosselló. 2007. Better the devil you know? Guidelines for insightful utilization of nrDNA ITS in species-level evolutionary studies in plants. Mol Phylogenet Evol, 44(2): 911-919. [DOI:10.1016/j.ympev.2007.01.013]
16. Forni, D., R. Cagliani, U. Pozzoli, M. Colleoni, S. Riva, M. Biasin, G. Filippi, L. De Gioia, F. Gnudi and G.P. Comi. 2013. A 175 million year history of T cell regulatory molecules reveals widespread selection, with adaptive evolution of disease alleles. Immunity, 38(6): 1129-1141. [DOI:10.1016/j.immuni.2013.04.008]
17. Fullerton, S.M., A. Bernardo Carvalho and A.G. Clark. 2001. Local rates of recombination are positively correlated with GC content in the human genome. Molecular biology and evolution, 18(6): 1139-1142. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a003886 [DOI:10.1093/oxfordjournals.molbev, 003886]
18. Funk, V.A., R.J. Ba, R. Chan, L. Watson, B. Gemeinholzer, E. Schilling, J.L. Panero, B.G. Baldwin, N. Garcia-Jacas and A. Susanna. Year. Published. B555 343 Everywhere but Antarctica: Using a supertree to understand the diversity and distribution of the Compositae, p. 343. In, Plant Diversity and Complexity Patterns: Local, Regional and Global Dimensions: Proceedings of an International Symposium Held at the Royal Danish Academy of Sciences and Letters in Copenhagen, Denmark, May, 2003, 2005. Kgl. Danske Videnskabernes Selskab, 25-28 pp.
19. Gao, T., H. Yao, J. Song, C. Liu, Y. Zhu, X. Ma, X. Pang, H. Xu and S. Chen. 2010. Identification of medicinal plants in the family Fabaceae using a potential DNA barcode ITS2. J Ethnopharmacol, 130(1): 116-121. 10.1016/j.jep.2010.04.026 [DOI:10.1016/j.jep.2010.04.026]
20. Garcia, S., A. Kovařík, A.R. Leitch and T. Garnatje. 2017. Cytogenetic features of rRNA genes across land plants: analysis of the Plant rDNA database. The Plant Journal, 89(5): 1020-1030. [DOI:10.1111/tpj.13442]
21. Goka, K., J. Yokoyama, Y. Une, T. Kuroki, K. Suzuki, M. Nakahara, A. Kobayashi, S. Inaba, T. Mizutani and A. D. Hyatt. 2009. Amphibian chytridiomycosis in Japan: distribution, haplotypes and possible route of entry into Japan. Mol Ecol, 18(23): 4757-4774. [DOI:10.1111/j.1365-294X.2009.04384.x]
22. Gültepe, M., U. Uzuner, K. Coşkuncelebi, A.O. Beldüz and S. Terzioğlu. 2010. Internal transcribed spacer (ITS) polymorphism in the wild Primula (Primulaceae) taxa of Turkey. Turkish Journal of Botany, 34(3): 147-157.
23. Haidari, P., A.A. Mehrabi and A.A. Nasrollah Nejad Ghomi. 2014. Genetic Diversity of Balm (Melissa Officinalis L.) Landraces and Genetic Relationship Within and Between Them using ITS Markers. Journal of Crop Breeding, 6(13): 29-39.
24. Hall, T.A. Year. Published. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT, pp. 95-98. In, Nucleic acids symposium series, 1999. [London]: Information Retrieval Ltd., c1979-c2000.
25. Hebert, P.D., A. Cywinska and S.L. Ball. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 270: 313-321. [DOI:10.1098/rspb.2002.2218]
26. Hebert, P.D., S. Ratnasingham and J.R. de Waard. 2003. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 270: S96-S99. [DOI:10.1098/rsbl.2003.0025]
27. Koopman, W.J., E. Guetta, C.C. vandeWiel, B. Vosman and R.G. van den Berg. 1998. Phylogenetic relationships among Lactuca (Asteraceae) species and related genera based on ITS-1 DNA sequences. American Journal of Botany, 85(11): 1517-1530. [DOI:10.2307/2446479]
28. Lindqvist, K. 1960. Cytogenetic studies in the serriola group of Lactuca. Hereditas. 46(1-2): 75-151. [DOI:10.1111/j.1601-5223.1960.tb03080.x]
29. Liu, F., Y. Hu, Q. Wang, H.M. Li, G.F. Gao, C.H. Liu and B. Zhu. 2014. Comparative genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates. BMC Genomics, 15(1): 469. [DOI:10.1186/1471-2164-15-469]
30. Mehta, D. 2012. An Insight on Traditional System of Medicine in Pharmaceutical Industry, with Pharmacological Profile Reporting on Devadaru and Indian Rhubarb: Vital to Pharmaceutical Research Endeavor. Ethnopharmacology, 2012(4): 200-211.
31. Mikel, M.A. 2007. Genealogy of contemporary North American lettuce. HortScience, 42(3): 489-493. [DOI:10.21273/HORTSCI.42.3.489]
32. Mousavi, S., R. Choukan, N. Sepahvand and A. Ghanbari. 2014. Genetic Diversity of Iranian Lettuce Genotypes Based on RAPD Markers. Seed and Plant Improvment Journal, 30(1): 115-131.
33. Pang, X., L. Shi, J. Song, X. Chen and S. Chen. 2013. Use of the potential DNA barcode ITS2 to identify herbal materials. J Nat Med, 67(3): 571-575. [DOI:10.1007/s11418-012-0715-2]
34. Park, J.H., Y.H. Kim, C.S. Ham, S.E. Shin, H.J. Lee, K.S. Ko, J. Choi, G.H. Son and S.H. Park. 2018. Molecular identification of forensically important calliphoridae and sarcophagidae species using ITS2 nucleotide sequences. Forensic Sci Int, 10: 28-41.1016/j.forsciint.2017.12.017
35. Parkin, E.J. and R.K. Butlin. 2004. Within-and between-individual sequence variation among ITS1 copies in the meadow grasshopper Chorthippus parallelus indicates frequent intrachromosomal gene conversion. Molecular biology and evolution, 21(8): 1595-1601. [DOI:10.1093/molbev/msh163]
36. Patras, A., C.E. Luchian, M. Niculaua and V. Stoleru. 2013. Effects of some Abiotic Factors on Brassica Oleracea Var. Capitata Sprouts. Bulletin of the University of Agricultural Sciences & Veterinary Medicine Cluj-Napoca. Horticulture, 70(1): 172-179.
37. Perrier, X. and J.P. Jacquemoud-Collet. 2006. DARwin software http://darwin.cirad.fr/darwin computer program, version By Perrier, X. and J. P. Jacquemoud-Collet,
38. Rodriguez-Lanetty, M. 2003. Evolving lineages of Symbiodinium-like dinoflagellates based on ITS1 rDNA. Mol Phylogenet Evol, 28(1): 152-168. https://doi.org/10.1016/S1055-7903(03)00033-2 [DOI:10.1016/S1055-7903(03)00033-2.]
39. Schultz, J. and M. Wolf. 2009. ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics. Mol Phylogenet Evol, 52(2): 520-523. [DOI:10.1016/j.ympev.2009.01.008]
40. Silva, S.R., R. Gibson, L. Adamec, Y. Domínguez and V.F. Miranda. 2018. Molecular phylogeny of bladderworts: A wide approach of Utricularia (Lentibulariaceae) species relationships based on six plastidial and nuclear DNA sequences. Mol Phylogenet Evol, 118: 244-264. [DOI:10.1016/j.ympev.2017.10.010]
41. Sindhu, A., S.K. Tehlan and A. Chaudhury. 2017. Analysis of genetic diversity among medicinal therapist Trigonella foenum-graecum L. genotypes through RAPD and SSR markers. Acta Physiologiae Plantarum, 39(4): 100. 10.1007/s11738-017-2395-8. [DOI:10.1007/s11738-017-2395-8]
42. Sun, Z. and S. Chen. 2013. Identification of cortex herbs using the DNA barcode nrITS2. J Nat Med, 67(2): 296-302. [DOI:10.1007/s11418-012-0681-8]
43. Tamura, K., G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski and S. Kumar. 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular biology and evolution, 30: 2725-2729. [DOI:10.1093/molbev/mst197]
44. Uwai, S., N. Yotsukura, Y. Serisawa, D. Muraoka, M. Hiraoka and K. Kogame. 2006. Intraspecific genetic diversity of Undaria pinnatifida in Japan, based on the mitochondrial cox3 gene and the ITS1 of nrDNA. Hydrobiologia, 553(1): 345-356. [DOI:10.1007/s10750-005-0883-0]
45. Varela, E., J. Lima, A. Galdino, L.D.S. Pinto, W. Bezerra, E. Nunes, M. Alves and T. Grangeiro. 2004. Relationships in subtribe Diocleinae (Leguminosae; Papilionoideae) inferred from transcribed spacer sequences from nuclear ribosomal DNA. Phytochemistry, 65(1): 59-69. doi: 10.1016/j.phytochem.2003.08.005. [DOI:10.1016/j.phytochem.2003.08.005]
46. White, T.J., T. Bruns, S. Lee and J. Taylor. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR protocols: a guide to methods and applications, 18(1): 315-322. [DOI:10.1016/B978-0-12-372180-8.50042-1]
47. Wu, C.T., C.C. Hsieh, W.C. Lin, C.Y. Tang, C.H. Yang, Y.C. Huang and Y.J. Ko. 2013. Internal transcribed spacer sequence-based identification and phylogenic relationship of I-Tiao-Gung originating from Flemingia and Glycine (Leguminosae) in Taiwan. Journal of food and drug analysis, 21(4): 356-362. doi: 10.1016/j.jfda.2013.08.002. [DOI:10.1016/j.jfda.2013.08.002]
48. Zarea, M., B. Fakheri and S. Farokhzadeh. 2016. Effect of Salinity on Morphological Characteristics of Lettuce Genotypes (Lactuca Sativa L.) Journal of Horticultural Science, 30(3): 457-468 (In Farsi with Abstract English).

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2019 All Rights Reserved | Journal of Crop Breeding

Designed & Developed by : Yektaweb