دوره 9، شماره 24 - ( زمستان 1396 )
جلد 9 شماره 24 صفحات 102-95 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Nikkerdar F, Farshadfar M, Ebrahimi M A, Shirvani H. (2018). Genetic Diversity among Fennel (Fueniculum Vulgare Mill.) Landrace using Scot Markers
. jcb. 9(24), 95-102. doi:10.29252/jcb.9.24.95
URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-941-fa.html
URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-941-fa.html
نیک کردار فریبا، فرشادفر محسن، ابراهیمی محمدعلی، شیروانی هومن. ارزیابی کارایی نشانگر مولکولی SCoT در بررسی تنوع ژنتیکی توده های گیاه دارویی رازیانه (Fueniculum vulgare)
پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی 1396; 9 (24) :102-95 10.29252/jcb.9.24.95
دانشگاه پیام نور
چکیده: (4082 مشاهده)
یکی از قدیمیترین گیاهان دارویی رازیانه (Fueniculum vulgare) میباشد که در طب سنتی کاربرد فراوان دارد. در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 16 توده ایرانی رازیانه تهیه شده از بانک ژن سازمان جنگلها و مراتع با استفاده از 15 آغازگر SCoT (Start codon targeted) مورد ارزیابی قرار گرفت. آغازگرهای SCoT در مجموع توانستند 77 باند تولید کنند که از این تعداد، 4 باند
یکشکل مشاهده شد. آغازگرهای SC5 و SC29 بهترتیب با 10 و 9 باند بیشترین تعداد و آغازگرهای SC10، SC26 و SC44 با 2 باند کمترین تعداد باند را نشان دادند. شاخصهای محتوای اطلاعات چند شکلی (PIC)، شاخص نشانگری (MI)، نسبت چندگانه موثر (EMR) و شاخص قدرت تفکیک (RP) برای کلیه نشانگرها محاسبه گردید که با توجه به شاخصهای محاسبه شده آغازگرهای SC15 و SC63 بهعنوان بهترین آغازگرها جهت بررسی تنوع ژنتیکی رازیانه معرفی گردید. میزان شباهت ژنتیکی مشاهده شده براساس اطلاعات این نشانگرها برابر 66/0 بود. بیشترین تشابه ژنتیکی در میان توده 6 (اردبیل 1) با تودههای 7 (اردبیل 2) و 8 (تهران 1)، و کمترین تشابه را توده 15 (قزوین) با 5 (یزد) داشت. نتایج حاصل از گروهبندی تجزیه خوشهای
بهروش UPGMA بر اساس ضریب تشابه جاکارد تودهها در 4 گروه قرار داد که بر اساس تجزیه به مختصات اصلی (PCo) و تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) گروههای حاصل از تجزیه کلاستر تایید گردید بر طبق این گروهبندی واریانس بین گروهها در سطح 5% معنیدار بود، اما براساس واریانس برآورد شده سهم واریانس بین گروهها تنها 24 درصد از تنوع کل بود.
یکشکل مشاهده شد. آغازگرهای SC5 و SC29 بهترتیب با 10 و 9 باند بیشترین تعداد و آغازگرهای SC10، SC26 و SC44 با 2 باند کمترین تعداد باند را نشان دادند. شاخصهای محتوای اطلاعات چند شکلی (PIC)، شاخص نشانگری (MI)، نسبت چندگانه موثر (EMR) و شاخص قدرت تفکیک (RP) برای کلیه نشانگرها محاسبه گردید که با توجه به شاخصهای محاسبه شده آغازگرهای SC15 و SC63 بهعنوان بهترین آغازگرها جهت بررسی تنوع ژنتیکی رازیانه معرفی گردید. میزان شباهت ژنتیکی مشاهده شده براساس اطلاعات این نشانگرها برابر 66/0 بود. بیشترین تشابه ژنتیکی در میان توده 6 (اردبیل 1) با تودههای 7 (اردبیل 2) و 8 (تهران 1)، و کمترین تشابه را توده 15 (قزوین) با 5 (یزد) داشت. نتایج حاصل از گروهبندی تجزیه خوشهای
بهروش UPGMA بر اساس ضریب تشابه جاکارد تودهها در 4 گروه قرار داد که بر اساس تجزیه به مختصات اصلی (PCo) و تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) گروههای حاصل از تجزیه کلاستر تایید گردید بر طبق این گروهبندی واریانس بین گروهها در سطح 5% معنیدار بود، اما براساس واریانس برآورد شده سهم واریانس بین گروهها تنها 24 درصد از تنوع کل بود.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
اصلاح نباتات، بیومتری
دریافت: 1396/12/19 | ویرایش نهایی: 1398/1/25 | پذیرش: 1396/12/19 | انتشار: 1396/12/19
دریافت: 1396/12/19 | ویرایش نهایی: 1398/1/25 | پذیرش: 1396/12/19 | انتشار: 1396/12/19
فهرست منابع
1. Altıntas, S., F. Toklu, S. Kafkas, B. Kilian, A. Brandolini and H.O. Zkan. 2008. Estimating Genetic Diversity in Durum and Bread Wheat Cultivars from Turkey Using AFLP and SAMPL Markers. Plant Breeding, 127: 9-14.
2. Bahmani, K., A. Izadi darbandi and R. Baghchghi. 2012. The study of genetic variation Iranian fennel using RAPD molecular marker. Fourteenth Iranian Genetics Congress, 12: 15-20.
3. Davis, TM., H. Yu. Haigis and P.J. McGowan. 1995. Template mixing: a method of enhancingdetection and interpretation of codominant RAPD markers. Theoretical and Applied Genetics, 91: 582-8 [DOI:10.1007/BF00223283]
4. Hasani, M.H., S. Torabi, M. Omidi, A.R. Etminan and T. Dastmalchi. 2011. The study of genetic variation Foeniculum vulgar Mill. Using AFLP molecular marker. Iranian Journal of Field Crop Science, 42: 597-604.
5. Hou, Y., Z. Yan and Y. Wei. 2005. Genetic diversity in barely from west China based on RAPD and ISSR analysis Barely. Genetics Newsletter, 35: 9-22.
6. Hu, J. and BA. Vick. 2003. Target region amplification polymorphism: a novel marker technique forplant genotyping. Plant Molecular Biology Reporter, 21: 289-94. [DOI:10.1007/BF02772804]
7. Kalendar, R. 2007. FastPCR: a PCR primer design and repeat sequence searching software with additional tools for the manipulation and analysis of DNA and protein. Available at www.biocenter.helsinki.fi/programs/fastpcr.htm, Genes, Genomes and Genomics, Special Issue 1: 1-14.
8. Kochaki. A., M. Nasiri and F. Najafi. 2004. The agro biodiversity of medical and aromatic plants in Iran, 2: 209-214.
9. Kumar, M., G.P. Mishra, R. Singh, J. Kumar, P.K. Naik and Sh.B. Singh. 2009. Correspondence of ISSR and RAPD Markers for Comparative Analysis of Genetic Diversity among Different Apricot Genotypes from Cold Arid Deserts of Trans-Himalayas. Physiology and Molecular Biology of Plants, 15: 225-236. [DOI:10.1007/s12298-009-0026-6]
10. Mahjoob, B., H. Najafi-Zarini and S.HR. Hashemi. 2014. Assessment of Genetic Relationships among 36 Brassica Genotypes using ISSR Molecular Markers. Journal of Crop Breeding, 6: 96-106.
11. Mardi, M., A. Taleei and M. Omidi. 2003. Study on genetic variation and yield Components Indies type chickpea. Iranian Journal of Agricultural Science, 34: 345-351.
12. Mehdikhani, H., S. Mahmood and H. Zeinali. 2013. Study of Genetic Diversity in Chamomile Landraces (Matricaria aurea (Loefl.) Sch. Bip.) Using Random and Semi-Random Primers. Journal of Crop Breeding, 5: 69-82.
13. Powell, W., M. Morgante, C. Andre, M. Hanafey, J. Vogel, S. Tingey and A. Rafalski. 1996. The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, 2: 225-238. [DOI:10.1007/BF00564200]
14. Safayi, M., S. Jafarnia and S. Khosroshahi. 2008. The most important medical plants of the world, 222-223
15. Salehi Jozani, G., S. Abd- Mishani, A.H. Hoseinzadeh and B.E .Seied Tabatabaei. 2003. Genetic diversity analysis of commercial potato cultivars (solanum tuberosum ) in iran using RAPD-PCR technique. Iranian Journal of Agricultural sciences, 34: 1021-1029.
16. Shabanian, N., L. Alikhani and M.S. Rahmani. 2015. Phenotypic and genotypic diversity in rant oak (Quercus brantii) populations of declining north-Zagros forests using biochemical characteristics and molecular SCoT marker. Iranian Journal of Rangelands and Forests Plant Breeding and Genetic Research, 23: 23-29
17. Torres, A.M., NF. Weeden and A. Martin. 1993. Linkage among isozyme, RFLP and RAPD markers in Vicia faba. Theoretical and Applied Genetics, 85: 935-945. [DOI:10.1007/BF00215032]
18. Yazdani, D., S. Shahnazi and H. Seifi. 2004. Cultivation of Medical Plants. Applied guide for cultivation of 40 important medical plants in Iran, 1: 73-75.
19. Zahid, N.Y., N.A. Abbasi, I.A. Hafiz and Z. Ahmad. 2009. Genetic diversity of indigenous fennel, (Foeniculum vulgare). Germplasm in Pakistan assessed By RAPD markers. Pakistan Journal of Botany, 41: 1759-1767.
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
