دوره 9، شماره 22 - ( تابستان 1396 )                   جلد 9 شماره 22 صفحات 23-30 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Assessment of Genetic Diversity in Aeluropus Littoralis using Transferable EST-Based Microsatellite Markers. jcb. 2017; 9 (22) :23-30
URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-838-fa.html
میدانسری مریم، نعمت زاده قربانعلی، نصیری نجمه، شکری احسان. بررسی تنوع ژنتیکی گیاه چمن‌‌شور ساحلی (Aeluropus littoralis) با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره انتقال‌پذیر مبتنی بر EST . پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی. 1396; 9 (22) :23-30

URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-838-fa.html


چکیده:   (970 مشاهده)
گیاه چمن­شور ساحلی یکی از موفق­ترین گراس­های تک­لپه مطرح از نظر تحمل به شوری­های زیاد است که ارزش علوفه­ای داشته و دارای خصوصیات فیزیولوژیک ارزشمندی است. هدف از این مطالعه معرفی و دسترسی سریع به نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA و بررسی تنوع ژنتیکی در گونه شورزی و ارزشمند چمن­شور ساحلی (Aeluropus littoralis) می­باشد. بدین منظور آزمون تکثیر ژنومی در این گیاه با استفاده از 110 جفت نشانگر ریزماهواره EST بدست آمده از گونه­های گندم، برنج و جو برای شناسایی نشانگرهای انتقال­پذیر انجام گرفت. بر این اساس میزان کل انتقال­پذیری نشانگرهای ریزماهواره EST با منشاء غلات در گیاه چمن­شور ساحلی 44 درصد بدست آمد. این نتیجه نشان می­دهد که از مخزن نشانگرهای ریزماهواره غلات می­توان برای دستیابی و توسعه نشانگرهای مولکولی در سایر گونه­های ارزشمند خویشاوند با صرف کمترین زمان و هزینه استفاده نمود. در ادامه به­منظور بررسی میزان کارآمدی نشانگرهای انتقال­پذیر شناسایی­شده در ارزیابی سطح تنوع و گروه­بندی ژنتیکی، از 12 جفت نشانگر انتقال­پذیر استفاده گردید. در مجموع 74 مکان ژنی با میانگین 1/6 آلل به ازای هر جفت آغازگر تکثیر شدند که بیش از90 درصد آن­ها چندشکل بودند. شاخص PIC برای نشانگرهای مورد بررسی بین 26/0 و 38/0 با میانگین 33/0 محاسبه شد. در نهایت تجزیه خوشه­ای، اکوتیپ­های آلوروپوس را در 7 گروه دسته­بندی کرد. بر این اساس اکوتیپ ها ازلحاظ فاصله جغرافیایی نسبتاً از هم تفکیک شدند و میزان چند شکلی افراد و تفاوت گروه­ها با مشاهدات ظاهری و تنوع کیفی بین نمونه ها مطابقت بالایی داشت. 
متن کامل [PDF 501 kb]   (404 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: اصلاح نباتات، بیومتری

فهرست منابع
1. Babaian Jolodar, N.A., N. Mori and C. Nakamora. 2005. Transferability of hexaploid wheat (Triticum aestivum) microsatellite markers to hexaploid and tetraploid wheat species iranian. Journal of Agriculture, 3: 219-227.
2. Barhoumia, Z., W. Djebalib, A. Smaouic, W. Chai and C. Abdelly. 2007. Contribution of NaCl excretion to salt resistance of Aeluropus littoralis (Willd) parl. Journal of Plant Physiology, 164: 842-850. [DOI:10.1016/j.jplph.2006.05.008]
3. Bassam, B., J.G. Caetano-Anolles and P.M. Gressho. 1991. Fast and sensitive silver staining of DNA in polyacrylamid gels. Journal of Analytical Biochemistry, 19: 680-683.
4. Chai, L., M.K. Biswas, H. Yi, W. Guo and X. Deng. 2013. Transferability, polymorphism and effectiveness for genetic mapping of the Pummelo (Citrus grandis Osbeck) EST-SSR markers. Journal of Scientia Horticulturae, 155: 85-91. [DOI:10.1016/j.scienta.2013.02.024]
5. Dellaporta, S.L., J. Wood and J. tickes. 1983. A Plant Molecular DNA Minipreparation version II, 1: 19-21.
6. Hassani Tesie, S.F., H. Samizadeh Lahiji and M. Shoaei Deilami. Assessment of Genetic Diversity Among and Within Different Types of Tobacco (Nicotiana tabacum L.) Using IRAP and REMAP Markers. Journal of Crop Breeding, 7: 1-9.
7. La-Rota, M., R.V. Kantety, J.K. Yu and M.E. Sorrells. 2005. Nonrandom distribution and frequencies of genomic and EST-derived microsatellite markers in rice wheat and barley. BMC Genom, 6: 23-35. [DOI:10.1186/1471-2164-6-23]
8. Li, G., W.H. Ra, J.W. Park, S.W. Kwon, J.H. Lee, C.B. Park and Y. Park. 2011. Developing EST-SSR markers to study molecular diversity in Liriopeand Ophiopogon. Biochemical Systematics And Ecology, 39: 241-252. [DOI:10.1016/j.bse.2011.08.012]
9. Li, L., J. Wang, Y. Guo, F. Jiang, Y. Xu, Y. Wang, H. Pan, G. Han, R. Li and S. Li. 2008. Development of SSR markers from ESTs of gramineous speciesand their chromosome location on wheat. Progress In Natural Science, 18: 1485–1490. [DOI:10.1016/j.pnsc.2008.05.012]
10. Li-Fang, Z., S. SLi-Xiao, F. Yi-Gao, Q. Bao-Li, X. Hai-Bin, P. Zi-You and Q. Zeng-Jun. 2008. Development and chromosome mapping of new wheat EST-SSR markers and application for characterizing rye chromosomes added in wheat. Acta Agronomica Sinica, 34: 926-933.
11. Liu, K and V. Muse. 2005. PowerMarker: Integrated analysis of genetic marker data. Bioinformatics, 21: 2128-2129. [DOI:10.1093/bioinformatics/bti282]
12. Ma, J.Q., C.L. Ma, M.Z. Yao, J.Q. Jin, Z.L. Wang, X.C. Wang and L. Chen. 2012. Microsatellite markers from tea plant expressed sequence tags (ESTs) and their applicability for cross-species/genera amplification and genetic mapping. Scientia Horticulturae, 134: 167–175. [DOI:10.1016/j.scienta.2011.10.029]
13. Monica, A.M., R.K. Robert, C.U. Natalie and L.R. William. 2004. Genetic diversity of public inbreds of sorghum determined by mapped AFLP and SSR markers. Crop Science, 44: 1236-1244. [DOI:10.2135/cropsci2004.1236]
14. Sajjadi S.H. 2010. Assessment of genetic diversity of Iranian ecotype of Aeluropus littoralis plan using RAPD-PCR marker. M.Sc Thesis, Payam Noor University,Tehran, Iran. 200pp.
15. Saramirad, B., M. Shokrpour, O. Sofalian, A. Pourmohammad and E. Esfandiari. Evaluation of Genetic Diversity of Wheat Genotypes by AFLP Markers. Journal of Crop Breeding, 7: 89-96.
16. Sim, S.C., J.K. Yu, Y.K. Jo, M. Sorrells and G. Jung. 2009. Transferability of cereal EST-SSR markers to ryegrass. Genome, 52: 431-437. [DOI:10.1139/G09-019]
17. Torbatinejad, N., H. Maghsoodlowrad and A.M. Gharabash. 2000. Nutritive value of Aeluropus littoralis and Aeluropus lagopoides in sheep. Journal Of Agricultural Sciences and Natural Resources, 7: 31-45.
18. Ya-ming, G., X.U. Sheng-chun, M. Wei-hua, L. Ze-yun, H. Qi-zan, Z. Gu-wen and D. Ju. 2011. Genetic diversity analysis of Faba Bean (Vicia fabaL.) based on EST-SSR markers . Agricultural Sciences In China, 10: 838-844. [DOI:10.1016/S1671-2927(11)60069-2]
19. Zouari, N., R. BeenSaad, T. Leqarre, J. Azaza, X. Sabau, M. Jaoua, K. Masmoudi and A. Hassairi. 2007. Identification and sequencing of ESTs from the halophyte grass Aleuropus littoralis. Gen, 404: 61-69. [DOI:10.1016/j.gene.2007.08.021]

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA code

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2018 All Rights Reserved | Journal of Crop Breeding

Designed & Developed by : Yektaweb