دوره 14، شماره 43 - ( پاییز 1401 1401 )                   جلد 14 شماره 43 صفحات 134-126 | برگشت به فهرست نسخه ها


XML English Abstract Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Arbabi H, keikhasaber M, Fahmideh L, Ghasemi Omran V. (2022). Phylogenetic Analysis of Some Indigenous and Non-Indigenous Luffa (Luffa cylindrica) Genotypes using ITS Marker. jcb. 14(43), 126-134. doi:10.52547/jcb.14.43.126
URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-1271-fa.html
اربابی حلیمه، کیخاصابر مجتبی، فهمیده لیلا، قاسمی عمران ولی اله. بررسی فیلوژنتیکی چند ژنوتیپ بو‌می‌و غیربو‌می‌لوفا (Luffa cylindrica) با استفاده از نشانگر ITS پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی 1401; 14 (43) :134-126 10.52547/jcb.14.43.126

URL: http://jcb.sanru.ac.ir/article-1-1271-fa.html


گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل
چکیده:   (969 مشاهده)
چکیده مبسوط:
مقدمه و هدف:
لوفا ‌Luffa cylindrica گیاهی از خانواده کدوییان است و علاوه بر مصرف خوراکی میوه بالغ سبز، خواص دارویی و بهداشتی روغن بذر، به‌علت بافت اسفنجی فیبری میوه‌های خشک آن دارای اهمیت می­ باشد. لوفا دارای نوعی اسفنج طبیعی است که خواص فیزیک وشیمیایی منحصر به فردی دارد. در بین ارقام مختلف لوفا تنوع زیادی از لحاظ شکل، اندازه، کیفیت اسفنج و غیره وجود دارد که بررسی آن به متخصصین اصلاح نباتات در شناسایی ظرفیت ژنتیکی صفات مرتبط با اهداف اصلاحی مهم یاری خواهد کرد.

مواد و روش‌ها: در این تحقیق تنوع ژنتیکی پنج ژنوتیپ بو‌می‌گیاه لوفا مربوط به استان­ های مازندران، کرمان، سیستان و بلوچستان، و سه ژنوتیپ ‌غیربو‌می‌ مربوط به کشورهای چین، برزیل و اسپانیا از طریق ارزیابی ناحیه ﻓﺎﺻﻠﻪ اﻧﺪاز داﺧﻠﯽ (ITS (Internal transcribed spacer ریبوزو‌می‌ مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه­ برداری ، استخراج ‌دی ان ای به روش دلاپورتا از برگ‌های جوان انجام شد و واکنش زنجیره ای پلیمراز  با استفاده از یک جفت پرایمر ITS صورت گرفت. قطعات تکثیر شده پس از توالی یابی و تعیین کیفیت هم ردیف­ سازی شده و دندروگرام روابط فیلوژنتیک و ماتریس تفاوت و تشابه توالی­ ها تعیین و ترسیم شدند.
یافته‌ها: از مجموع 703 جایگاه، 175 جایگاه دارای حذف و اضافه (170مونومورف و 5 پلی‌مورف) و 528 جایگاه بدون حذف و اضافه بودند. بیش‌ترین جانشینی‌ها برای توالی ITS از نوع متقاطع (55/5 درصد) بود و تنها 44/5 درصد جانشینی‌ها از نوع نوع انتقالی  بود. همچنین در ناحیه مورد مطالعه ITS به‌طور میانگین نسبت تیمین 9/18، سیتوزین 8/28، آدنین 9/19 و گوانین 4/32 درصد کل نوکلئوتیدها بود. هم‌چنین مقدار متوسط عددی نسبت dN/dS برابر با 0/86 بود. میانگین کلی فاصله ژنتیکی بین نمونه‌های مورد بررسی برای نشانگرITS با استفاده از مدلMaximum Composite  0/107 بود.
نتیجه‌گیری: بررسی قرابت‌ها در تحقیق حاضر با استفاده از ناحیه بین ژنی ITS  نشان‌دهنده وجود تنوع درون گونه‌ای در ژنوتیپ‌های لوفا مورد مطالعه بود، اما فواصل ژنتیکی نسبتاً کم بین ژنوتیپ­ها شاید بیانگر ضعف نسبی این مارکر در مطالعات ژنتیکی گیاه مورد مطالعه باشد. بنابراین جهت نتیجه‌گیری دقیق‌تر، پیشنهاد ‌می‌شود این مارکر به ­عنوان بارکد مکمل با سایر مارکرها استفاده شود. 
متن کامل [PDF 2185 kb]   (834 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ساير
دریافت: 1400/4/6 | ویرایش نهایی: 1401/7/26 | پذیرش: 1401/1/14 | انتشار: 1401/7/20

فهرست منابع
1. Asadi, F., S. Dezhsetan, R. Ghahramanzadeh, J. Razmjou and M. Alebrahim. 2015. DNA barcoding of some local medicinal plants of Ardabil province. Crop Biotechnology, 5(10): 31-40.
2. Bor, J. Y., H.Y. Chen and G.C. Yen. 2006. Evaluation of antioxidant activity and inhibitory effect on nitric oxide production of some common vegetables. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 54(5): 1680-1686. [DOI:10.1021/jf0527448]
3. Chaplagh Paridri, A., G. Jalali, A. Sanbali and M. Zarafshar. 2013. Review of hornbeam species (Carpinus L.) in Iran based on molecular markers (ITS and trnh-psbA). Genetic research and breeding of rangeland and forest plants in Iran, 20 (1 (39 consecutive)), 1-13.
4. Chillali, M., H. Idder Ighili, J.J. Guillaumin, C. Mohammed B. Long Escarmant and B. Botton. 1998. Variation in the ITS and IGS regions of ribosomal DNA among the biological species of European armillaria. Mycologica Research 102: 533-540. [DOI:10.1017/S0953756297005315]
5. China Plant BOL Group. 2011. Comparative analysis of a large data set indicates that internal transcribed spacer (ITS) should be incorporated into the core barcode for seed plants. Proc Natl Acad Sci USA 108: 19641-19646. [DOI:10.1073/pnas.1104551108]
6. Deng, W., D. Xi, H. Mao and M. Wanapat. 2008. The use of molecular techniques based on ribosomal RNA and DNA for rumen microbial ecosystem studies:a review. Molecular Biology Reports, 35:265-274. [DOI:10.1007/s11033-007-9079-1]
7. Dellaporta, S.L., J. Wood and J.B. Hicks. 1993. A plant DNA minipreparation: version II. Plant Molecular Biology Reporter, 1: 19-22. [DOI:10.1007/BF02712670]
8. Ghahramanzadeh, R., S.H. Marashi, C. Wael and S. Malekzadeh. 2012. Separation of invasive species of aquatic herb Mriiophyllum (Myriophyllum spp.) From its native relatives using DNA barcode. Plant Protection Quarterly, 26(1).
9. Gupta, P., R. Varshney, P. Sharma and B. Ramesh. 1999. Molecular markers and their application in wheat breeding. Plant breeding, 118: 360-390. [DOI:10.1046/j.1439-0523.1999.00401.x]
10. Haji Ahmadi, Z., M. Talebi, S. Tabatabaei and E. Badreddin. 2012. Determination of pomegranate phylogeny using plant barcodes psbA-trnH, rbcL, matK and ITS, 12th Iranian Genetics Congress, Tehran, (In Persian).
11. Hassan, L.M. 2006. Quaternization and anion exchange capacity of sponge gourd (Luffa cylindrica). Journal of Applied Polymer Science, 101(4): 2495-503. [DOI:10.1002/app.23747]
12. Klemm, D., B. Philipp, T. Heinze, U. Heinze and W. Wagenknecht. 2001. Comprehensive Cellulose Chemistry. Vol. 1. Weinheim, German: Wiley VCH.
13. Kumari, S.A.S.M., N.D.U.S. Nakandala, P.W.I. Nawanjana, R.M.S.K. Rathnayake, H.M.T.N. Senavirathna, et al. 2019. The establishment of the species-delimits and varietal-identities of the cultivated germplasm of Luffa acutangula and Luffa aegyptiaca in Sri Lanka using morphometric, organoleptic and phylogenetic approaches. PLOS ONE 14(4): e0215176. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0215176 [DOI:10.1371/journal.pone.0215176.]
14. Li, J., H. Bi, Z. Li and J. Feng. 2008. Genetic analysis of Ziziphus Jujube Huizao using ISSR markers. 1th International Jujube Symphosium, China, 82p.
15. Mazali, I.O. and O.L. Alves. 2005. Morphosynthesis: high fidelity inorganic replica of the fibrous network of loofa sponge (Luffa cylindrica). Anais da Academia Brasileira de Ciências, 77(1): 25-31. [DOI:10.1590/S0001-37652005000100003]
16. Oboh, I. and E. Aluyor. 2009. Luffa cylindrical-an emerging cash crop. African Journal of Agricultural Research, 4: 684-688.
17. Ota, T. and M. Nei. 1994. Variance and covariances of the numbers of synonymous and nonsynonymous substitutions per site. Molecular Biology and Evolution, 11(4): 613-619.
18. Gojobori, T. and M. Nei. 1986. Simple methods for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions. Molecular Biology and Evolution, 3: 418-426.
19. Partap, S., A. Kumar, N.K. Sharma and K.K. Jha. 2012. Luffa cylindrica: An important medicinal plant. Journal of Natural Product and Plant Resources, 2(1): 127-34.
20. Shah, J.J., Y.J. Thanki and I.L. Kothari. 1980. Skeletal fibrous net in fruits of Luffa cylindrica M. Roem, and Luffa acutangula Roxb., p. 61-72. In: M. Nagaraj and C.P. Malik (eds.). Current trends in botanical research. Kalyani Publishers, New Delhi, India.
21. Tamura, K. and M. Nei. 1993. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Molecular Biology and Evolution, 10: 512-526.
22. White T.J., T. Bruns, S. Lee and J. Taylor. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: PCR Protocols: a guide to methods and applications. (Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ, eds). Academic Press, New York, USA: 315-322. [DOI:10.1016/B978-0-12-372180-8.50042-1]

ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA

ارسال پیام به نویسنده مسئول


بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2024 CC BY-NC 4.0 | Journal of Crop Breeding

Designed & Developed by : Yektaweb