Journal of Crop Breeding
پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی
jcb
Agriculture
http://jcb.sanru.ac.ir
1
admin
2228-6128
2676-4628
10.61186/jcb
fa
jalali
1401
7
1
gregorian
2022
10
1
14
43
online
1
fulltext
fa
بررسی فیلوژنتیکی چند ژنوتیپ بومیو غیربومیلوفا (Luffa cylindrica) با استفاده از نشانگر ITS
Phylogenetic Analysis of Some Indigenous and Non-Indigenous Luffa (Luffa cylindrica) Genotypes using ITS Marker
ساير
ساير
پژوهشي
Research
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:12px;"><span style="line-height:2;"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span sans-serif="" style="font-family:Calibri,"><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">چکیده مبسوط:<br>
مقدمه و هدف:</span></span></b><strong> </strong><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">لوفا </span></span><i><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Luffa cylindrica</span></span></i><i> </i><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">گیاهی از خانواده کدوییان است و </span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">علاوه بر مصرف خوراکی میوه بالغ سبز، خواص دارویی و بهداشتی روغن بذر، بهعلت بافت اسفنجی فیبری میوههای خشک آن دارای اهمیت می­ باشد.</span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> لوفا دارای نوعی اسفنج طبیعی است که خواص فیزیک وشیمیایی منحصر به فردی دارد. در بین ارقام مختلف لوفا تنوع زیادی از لحاظ شکل، اندازه، کیفیت اسفنج و غیره وجود دارد که بررسی آن به متخصصین اصلاح نباتات در شناسایی ظرفیت ژنتیکی صفات مرتبط با اهداف اصلاحی مهم یاری خواهد کرد. </span></span></span></span></span><br>
<span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span sans-serif="" style="font-family:Calibri,"><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">مواد و روشها</span></span></b><strong><span dir="LTR" lang="EN-US" style="border: 1pt none windowtext; padding: 0cm;"><span style="background:white">:</span></span></strong><strong> </strong><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">در این تحقیق تنوع ژنتیکی پنج ژنوتیپ بومیگیاه لوفا مربوط به استان­ های مازندران، کرمان، سیستان و بلوچستان، و سه ژنوتیپ غیربومی مربوط به کشورهای چین، برزیل و اسپانیا از طریق ارزیابی ناحیه ﻓﺎﺻﻠﻪ اﻧﺪاز</span></span> <span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">داﺧﻠﯽ (</span></span><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ITS</span></span> <span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">(Internal transcribed spacer</span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> ریبوزومی مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه­ برداری ، استخراج دی ان ای به روش دلاپورتا از برگهای جوان انجام شد و واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از یک جفت پرایمر </span></span><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ITS</span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> صورت گرفت. قطعات تکثیر شده پس از توالی یابی و تعیین کیفیت هم ردیف­ سازی شده و دندروگرام روابط فیلوژنتیک و ماتریس تفاوت و تشابه توالی­ ها تعیین و ترسیم شدند. </span></span></span></span></span><br>
<span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span sans-serif="" style="font-family:Calibri,"><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">یافتهها</span></span></b><b><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">:</span></span></b><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> از مجموع 703 جایگاه، 175 جایگاه دارای حذف و اضافه (170مونومورف و 5 پلیمورف) و 528 جایگاه بدون حذف و اضافه بودند. بیشترین جانشینیها برای توالی </span></span><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ITS</span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> از نوع متقاطع (55/5 درصد) بود و تنها 44/5 درصد جانشینیها از نوع نوع انتقالی بود. همچنین در ناحیه مورد مطالعه </span></span><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ITS</span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> بهطور میانگین نسبت تیمین 9/18، سیتوزین 8/28، آدنین 9/19 و گوانین 4/32 درصد کل نوکلئوتیدها بود. همچنین مقدار متوسط عددی نسبت </span></span><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">dN/dS</span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> برابر با 0/86 بود. میانگین کلی فاصله ژنتیکی بین نمونههای مورد بررسی برای نشانگر</span></span><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ITS</span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> با استفاده از مدل</span></span><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Maximum Composite</span></span> <span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">0/107 بود.</span></span> <span lang="AR-SA"><span style="font-family:"2 Mitra""></span></span></span></span></span><br>
<span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span sans-serif="" style="font-family:Calibri,"><b><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">نتیجهگیری</span></span></b><b><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">:</span></span></b><strong> </strong><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">بررسی قرابتها در تحقیق حاضر با استفاده از </span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">ناحیه بین ژنی </span></span><span dir="LTR" lang="EN-US"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">ITS</span></span> <span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:"> نشاندهنده وجود تنوع درون گونهای در ژنوتیپهای </span></span><span class="fontstyle11" sans-serif="" style="font-family:Arial,"><span style="color:black"><span style="font-weight:normal"><span style="font-style:italic"><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">لوفا </span></span></span></span></span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">مورد مطالعه بود، اما فواصل ژنتیکی نسبتاً کم بین ژنوتیپ­ها شاید بیانگر ضعف نسبی این مارکر در مطالعات ژنتیکی گیاه مورد مطالعه باشد. بنابراین جهت نتیجهگیری دقیقتر، پیشنهاد میشود این مارکر </span></span><span lang="FA"><span 2="" mitra="" style="font-family:">به ­عنوان بارکد مکمل با سایر مارکرها استفاده شود. </span></span></span></span></span></span></span></div>
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:11pt"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span style="line-height:90%"><span style="unicode-bidi:embed"><span sans-serif="" style="font-family:Calibri,"><b><span lang="EN-US" new="" roman="" style="font-family:" times="">Extended Abstract<br>
Introduction and Objective:</span></b> <span lang="EN-US" new="" roman="" style="font-family:" times="">Luffa is a plant from the <i>Cucurbitaceae</i> family with the scientific name of <i>Luffa cylindrica</i>. </span><span new="" roman="" style="font-family:" times="">I</span><span lang="EN-US" new="" roman="" style="font-family:" times="">n addition to the food consumption of mature green fruit and the medicinal and health properties of seed oil, it is important due to the fibrous spongy texture of its dried fruits. There is a great variety in terms of shape, size, quality of sponge, etc. among different cultivars of Luffa, the study of which helps plant breeders to identify the genetic capacity of traits associated with its important breeding goals.</span></span></span></span></span></span><br>
<span style="font-size:11pt"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span style="line-height:90%"><span style="unicode-bidi:embed"><span sans-serif="" style="font-family:Calibri,"><b><span lang="EN-US" new="" roman="" style="font-family:" times="">Material and Methods: </span></b><span lang="EN-US" new="" roman="" style="font-family:" times="">In this study, the genetic diversity of 5 indigenous Lufa genotypes related to Mazandaran, Kerman, Sistan and Baluchestan provinces, and 3 non-Indigenous<b> </b>genotypes related to China, Brazil and Afghanistan were studied by evaluating the ITS (Internal transcribed spacer) ribosome region. After sampling of young leaves, DNA was extracted by Dellaporta method, and PCR was performed using a pair of ITS primers. After sequencing and qualification, amplified products were aligned and dendrogram of phylogenic relationships and difference and similarity matrix of sequences were determined.</span></span></span></span></span></span><br>
<span style="font-size:11pt"><span style="text-justify:inter-ideograph"><span style="line-height:90%"><span style="unicode-bidi:embed"><span sans-serif="" style="font-family:Calibri,"><b><span lang="EN-US" new="" roman="" style="font-family:" times="">Results: </span></b><span lang="EN-US" new="" roman="" style="font-family:" times="">In this research, from a total of 703 sites, 175 sites had deletion and addition (170 monomorphes and 5 polymorphs) and 528 sites were lake of deletion and addition. Most of the substitutes for the ITS sequence were transversion (55.5%), and only 44.5% of the substitutes were transitional type. Also, the mean ratio of thymine, cytosine, adenine and guanine was 9.18, 8.28, 19.9 and 42.4% of the total nucleotides. The average numerical value of DN / DS ratio was 0.86. The overall average of the genetic distance between the samples examined, for the ITS marker, using the Maximum Composite model was 0.107.</span></span></span></span></span></span><br>
<b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:115%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Conclusion: </span></span></span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:115%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Studying the relationships between tested genotypes based on the ITS region, as analyzed in this study, showed the presence of intra-species variation in the genotypes of <i>Luffa aegyptiaca</i> studied. However, relatively low genetic distances between genotypes may indicate the relative weakness of this marker in the genetic studies of Luffa. Therefore, for a more accurate </span></span></span><span style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:115%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">conclusion </span></span></span><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><span style="line-height:115%"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">it is suggested that this marker is be used as a supplementary barcode with other markers.</span></span></span></div>
بارکد مولکولی, تنوع ژنتیکی, لوفا , فاصله ژنتیکی, نشانگر ریبوزومی
Genetic distance, Genetic diversity, Luffa, Molecular barcode, Ribosome markers
126
134
http://jcb.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1059-1&slc_lang=fa&sid=1
Halimeh
Arbabi
حلیمه
اربابی
h.arbabi4608@gmail.com
100319475328460019476
100319475328460019476
No
Department of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture, Zabul University, Zabul
گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل
Mojtaba
keikhasaber
مجتبی
کیخاصابر
mkeikhasaber@yahoo.com
100319475328460019477
100319475328460019477
Yes
Department of Plant Medicine, Faculty of Agriculture, Zabul University, Zabul
گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل
Leila
Fahmideh
لیلا
فهمیده
leila.fahmideh@yahoo.co
100319475328460019478
100319475328460019478
No
Department of Plant Breeding and Biotechnology, Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Gorgan, Iran
گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران
Valiallah
Ghasemi Omran
ولی اله
قاسمی عمران
100319475328460019479
100319475328460019479
No
Biotechnology Research Institute, Sari University, Sari
پژوهشکده بیوتکنولوژی، دانشگاه ساری، ساری