صفات مختلفی در کیفیت و بازارپسندی برنج موثرند که مهمترین آنها شامل عطر و طعم ( fgr )، درصد آمیلوز ( AC )، قوام ژل ( GC )، دمای ژلاتینه شدن ( GT ) و شکل دانه می­باشند. در این تحقیق برای ترمیم صفات کمی و کیفی رقم جدید برنج بنام قائم، از دو رقم محلی شصتک و دمسیاه و دو رقم اصلاح شده فجر و نعمت استفاده گردید. کلیه تلاقی­های ممکن یکطرفه بین رقم قائم بعنوان پایه مادری و بقیه ارقام بعنوان پایه پدری انجام گرفت. سپس کلیه تلاقی­های مرکب بین F₁ ها انجام و پس از کشت آنها بصورت تک بوته، انتخاب تیپ­های برتر براساس صفات فنوتیپی صورت گرفت. پس از آن با استفاده از نشانگرهای مولکولی پیوسته با ژن­های هدف اقدام به مطالعه­ تفکیک و ترکیب ژن­های موثر موردنظر گردید. نتایج بدست آمده نشان داد که تلاقی­های مرکب شصتک/ قائم// دمسیاه/ قائم و فجر/ قائم// نعمت/ قائم از قابلیت ترکیب­پذیری خوبی (بدلیل دارا بودن هر چهار ژن مورد نظر در یک گیاه) در مقایسه با سایر تلاقی­های مرکب برخوردار بوده و دو بوته از مجموع بوته­های انتخابی، توأمان دارای ژن­های هموزایگوس عطر و طعم و شکل دانه بوده­اند. از سوی دیگر بسیاری از بوته­ها، اکثر ژن­های مورد مطالعه را بصورت هتروزایگوس دارا بودند. برای بررسی ژن­های مختلف موثر در کیفیت و کمیت و رسیدن به لاین خالص جدید با ویژگی­های موثر در کیفیت پخت و خوراک، می­بایست بوته­های انتخابی را برای رسیدن به لاین­های خالص، در نسلهای پیشرفته­تر مورد بررسی قرار داد.