fa بررسی گسترده ژنومی و آنالیز الگوی بیان خانواده ژنی HSP90 در گیاه آلوروپوس لیتورالیس تحت تنش شوری بيوتكنولوژي گياهي بيوتكنولوژي گياهي پژوهشي Research <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:11px;"><strong>پروتئین‌های شوک حرارتی 90 کیلو دالتونی (</strong><strong><span dir="LTR">HSP90</span></strong><strong>)، یک چاپرون مولکولی وابسته به </strong><strong><span dir="LTR">ATP</span></strong><strong> می‌باشند که توالی آن‌ها از درجه حفاظت‌شدگی بسیار بالایی در باکتری‌ها تا یوکاریوت‌ها برخوردار می‌باشند. در گیاهان،</strong> <strong>پروتئین‌های </strong><strong><span dir="LTR">HSP90</span></strong><strong>، برای کنترل رشد و نمو طبیعی گیاه و همچنین پاسخ دفاعی در برابر محرک‌های زیست‌محیطی مورد نیاز می‌باشند. گرچه مطالعات متعددی در مورد نقش فیزیولوژیکی </strong><strong><span dir="LTR">HSP90</span></strong><strong>ها در گیاهان وجود دارد، با این حال شناخت ما از مکانیسم‌های دفاعی پروتئین‌های </strong><strong><span dir="LTR">HSP90</span></strong><strong> در پاسخ به تنش، نقش آن‌ها به‌عنوان چاپرون‌های مولکولی و برهم‌کنش‌های مولکولی آن‌ها با دیگر پروتئین‌ها و کوچاپرون‌ها محدود می‌باشد.</strong> <strong>بنابراین، در مطالعه حاضر، با آنالیز جامعی از خانواده ژنی </strong><strong><em><span dir="LTR">HSP90</span></em></strong><strong> در گیاه هالوفیت </strong><strong><em><span dir="LTR">Aeluropus littoralis</span></em></strong><strong>، 4 ژن </strong><strong><em><span dir="LTR">HSP90</span></em></strong><strong> در این گیاه شناسایی و با استفاده از آنالیز پیش‌بینی جایگاه سلولی مشخص شد که این ژن‌ها در بخش‌های مختلف سلولی فعال می‌باشند. با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی مختلفی، 45 ژن </strong><strong><em><span dir="LTR">HSP90</span></em></strong><strong> نیز در سایر گونه‌های آرابیدوپسیس، برنج، ذرت، سویا و</strong><strong><em><span dir="LTR">Brachypodium distachyon</span></em></strong><strong> شناسایی گردید. 49 ژن‌ </strong><strong><em><span dir="LTR">HSP90</span></em></strong><strong> مورد بررسی، از نظر فیلوژنتیکی در سه گروه اصلی تقسیم‌بندی شدند. آنالیز ساختارهای ژنی و ترکیب موتیف‌ها نشان داد که این ژن‌ها در هر گروه تقریباً از حفاظت‌شدگی بالایی برخوردارند، که بیانگر این است که اعضای هر گروه ممکن است دارای کارکردهای یکسانی باشند. بر اساس داده‌های </strong><strong><span dir="LTR">RNA-seq</span></strong><strong>، ژن </strong><strong><em><span dir="LTR">AlHSP90.4</span></em></strong><strong> فعال در سیتوپلاسم با سطح بیان 3/1، ببیشترین بیان را در بافت ریشه تحت شرایط تنش شوری و بازیابی به نمایش گذاشت. حداقل سطح بیان، نیز در ژن </strong><strong><em><span dir="LTR">AlHSP90.3</span></em></strong><strong> واقع در شبکه آندوپلاسمی، <span style="color:black;">در پاسخ به تنش شوری و در شرایط بازیابی در بافت برگی مشاهده گردید. </span>یافته‌های این بررسی، ضمن ارائه خصوصیات عملکردی ژن‌های </strong><strong><em><span dir="LTR">AlHSP90</span></em></strong><strong>، اطلاعات پایه‌ای را برای تحقیقات آتی در مورد کارکرد بیولوژیکی این ژن‌ها مهیا می‌سازد.</strong></span><strong><span dir="LTR"><span style="font-size:8.0pt;"></span></span></strong></div> <strong><span dir="LTR"></span></strong><br> <strong><span dir="LTR"></span></strong> HSP90 protein is an ATP-dependent molecular chaperone that is evolutionarily conserved in bacteria to higher eukaryotes. In plants, HSP90s are required for control of normal plant growth and development, as well as immune responses to environmental stimuli. Although there are several studies explaining the physiological role of HSP90s in plants, our understanding of their stress response molecular mechanisms, their roles as molecular chaperones, and their molecular interactions with other clients and co-chaperones are still unclear. Therefore the present study aimed to perform a comprehensive analysis of the <em>HSP90</em> gene family in halophyte plant <em>Aeluropus littoralis.</em> Subcellular localization analysis showed that four identified <em>AlHSP90</em> gene were localized in different subcellular compartments. Based on different bioinformatics tools, 45 <em>HSP90</em> homologus genes were identifed from Arabidopsis, rice, maize, soybeen and <em>Brachypodium</em> <em>distachyon</em> species. 49 genes of <em>HSP90</em> were phylogenetically clustered into three major groups. Gene structure and motif composition revealed that these genes were relatively conservative in each group, suggesting that members of the same group may also have conserved functions. Based on RNA-seq data, <em>AlHSP90.4</em> gene localized in cytoplasm with expression levels of 1.3 was expressed more in root tissue under salinity stress and recovery. The least expression level was observed in <em>AlHSP90.3</em> gene localized in ER in root tissue under salinity stress and recovery. The findings of this study reveal the functional characteristics of the <em>AlHSP90</em> genes and provide basic information for future research on the their biological functions. آلوروپوس لیتورالیس, آنالیز بیان, آنالیز فیلوژنتیکی, پروتئین شوک حرارتی, HSP90 Aeluropus littoralis, Expression Analysis, Heat Shock Protein, HSP90, Phylogenetic Analysis 134 143 http://jcb.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-700-1&slc_lang=fa&sid=1 Seyyed Hamidreza Hashemi-petroudi سیدحمیدرضا هاشمی‌پطرودی irahamidreza@yahoo.com 100319475328460011856 100319475328460011856 Yes nt of Genetic Engineering and Biology, Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan (GABIT), Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU) گروه مهندسی ژنتیک و بیولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیست‌فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Ghorbanali nematzadeh قربانعلی نعمت‌زاده Gh.nematzadeh@sanru.ac.ir 100319475328460011857 100319475328460011857 No Department of Genetic Engineering and Biology, Genetics and Agricultural Biotechnology Institute of Tabarestan (GABIT), Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU) گروه مهندسی ژنتیک و بیولوژی، پژوهشکده ژنتیک و زیست‌فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Samira Mohammadi سمیرا محمدی mohammadi.sa67@yahoo.com 100319475328460011858 100319475328460011858 No PhD candidate in Plant Breeding, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University (SANRU) اصلاح نباتات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Markus Kuhlmann مارکوس کولمن kuhlmann@ipk-gatersleben.de 100319475328460011859 100319475328460011859 No RG Abiotic Stress Genomics/ RG Heterosis, Department Molecular Genetics, Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK). Germany گروه ژنتیک مولکولی، مؤسسه ژنتیک گیاهی و تحقیقات گیاهان زراعی لیبنیز (IPK)، آلمان