در این مطالعه به‌منظور شناسایی نشانگرهای ملکولی مرتبط با 13 صفت مورفولوژیک در یونجه زراعی (Medicago sativa L.) از 10 آغازگر IRAP، 14 آغازگر REMAP، 16 آغازگر ISSR و 7 جفت آغازگر SSR و تجزیه ارتباط به روش Mixed linear model (MLM) استفاده شد. صفات مورفولوژیک مورد مطالعه شامل ارتفاع، میزان کلروفیل، وزن‌تر کل، وزن خشک کل، وزن‌تر برگ، وزن خشک برگ، وزن‌تر ساقه، وزن خشک ساقه، تعداد برگ، تعداد ساقه، تعداد برگ به تعداد ساقه، وزن خشک برگ به وزن خشک ساقه و وزن خشک کل به وزن‌تر کل بود. مطالعه ساختار جمعیت به‌عنوان پیش‌نیازی برای انجام تجزیه ارتباط نشان داد که 6 زیرگروه احتمالی (6K=) در جمعیت مورد مطالعه وجود دارد. در تجزیه ارتباط به روش MLM، 95 مکان مرتبط (P≤0.02) با صفات مورد مطالعه شناسایی شد. 54 درصد مکان‌ها مبتنی بر نشانگرهای رتروترنسپوزونی (IRAP و REMAP) و 46 درصد مکان‌های شناسایی‌شده مبتنی بر نشانگرهای ISSR و SSR بود. نشانگر ISSR14-4 با 8 صفت مرتبط بود. صفت وزن‌تر ساقه بیشترین تعداد نشانگر مرتبط (13 مکان) را به خود اختصاص داد. نشانگرهای مرتبط با وزن خشک ساقه و وزن‌تر ساقه بیشترین ارتباط را با سایر صفات دارا بودند. نتایج به‌دست‌آمده از این مطالعه اطلاعات ارزشمندی درزمینه­ی مبنای ژنتیکی صفات مورد مطالعه ارائه داد که از این اطلاعات می‌توان در برنامه‌های اصلاحی و تولید ارقام با میزان زیست‌ توده بالا در یونجه استفاده نمود.