بهبود کیفیت نانوایی در گندم نان بستگی به درک کامل از اساس ژنتیکی صفات مهم مرتبط با کیفیت دانه دارد. بنابراین، هدف از این مطالعه بررسی اساس ژنتیکی صفات مرتبط با کیفت دانه شامل طول و عرض دانه، وزن هزرادانه، محتوی پروتئین دانه، عدد زلنی، حجم نان، درصد رطوبت، سختی دانه، درصد جذب آب و حجم رسوب SDS و تعیین رابطه بین آنها با نشانگرهای مولکولی ریزماهواره با استفاده از رهیافت ارتباط بین صفت و نشانگر در ارقام گندم نان بود. در این تحقیق به منظور بررسی روابط بین ژنوتیپ و فنوتیپ از چهار جفت نشانگر ریزماهواره استفاده شد. در مجموع 23 الل چندشکل با میانگین 83/3 الل به ازای هر جایگاه ریزماهواره در ژنوتیپ‌ها تکثیر شد. میزان اطلاعات چند شکلی برای نشانگرهای مورد بررسی از 26/0 تا 82/0 متغیر بود که جایگاه اول نشانگر wmc41 کمترین و جایگاه دوم نشانگر gwm608 بیشترین میزان PIC را داشتند. براساس تجزیه رگرسیون گام به گام، برای صفات طول دانه، وزن هزاردانه، حجم نان، سختی دانه و حجم رسوب SDS‌ الل‌هایی از نشانگرهای مختلف وارد مدل شدند، ولی برای صفات محتوی پروتئین، عرض دانه، عدد زلنی، درصد رطوبت و دصد جذب آب هیچ نشانگری وارد مدل نشد. برای صفت طول دانه دو الل نشانگر gwm608-b5 و gwm644-b4، برای حجم نان دو الل نشانگری wmc41-b5 و gwm644-a1، برای صفت سختی دانه دو الل از نشانگر wmc41 (wmc41-b4 و wmc41-b2) وارد مدل شدند. برای صفات حجم رسوب SDS‌ و وزن هزاردانه تنها یک الل به ترتیب از نشانگرهای gwm608-b3 و gwm608-b2 وارد مدل شدند که در مجموع بین 22% تا 37% تغییرات را توجیه نمودند. نتایج نشان داد که نشانگرهایی با محتوی چندشکلی و تنوع ژنتیکی بالا در تفکیک و تمایز افراد نقش به‌سزایی داشتند.