درک ساختار و ماهیت اثر متقابل ژنوتیپ × محیط در برنامه‌های اصلاحی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. به‌منظور مطالعه اثر متقابل ژنوتیپ × محیط و شناسایی ژنوتیپ‌های پایدار، 12 لاین امیدبخش زمستانه کلزا به همراه رقم اکاپی (شاهد)، در شش منطقه سرد (بجنورد، همدان و اراک) و معتدل سرد (کرج، کرمانشاه و اصفهان) کشور در قـالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار و به مـدت دو سال زراعی 90-1389 و 91-1390 مورد بررسی قرار گرفت. تجزیه واریانس مرکب با فرض تصادفی بودن محیط‌ها و ثابت بودن ژنوتیپ‌ها انجام شد. نتایج تجزیه مرکب نشان داد که اثر متقابل سال × مکان × ژنوتیپ در سطح احتمال 5 درصد معنی‌دار بود. تجزیه و تحلیل اثر متقابل ژنوتیپ × محیط با استفاده از روش چند‌متغیره تجزیه به مختصات اصلی انجام شد. با توجه به میانگین عملکرد دانه لاین‌ها در محیط‌های آزمایشی مختلف، محیط‌های آزمایشی به دو گروه کم‌تر از میانگین کل شامل، سه محیط و بیشتر از میانگین کل شامل، پنج محیط گروه‌بندی شدند. با توجه به نمودار حاصل از روش درخت با حداقل شاخه و داده‌های حاصل از ماتریس فواصل مرکزی، لاین‌ شماره 5 (L63) و رقم اکاپی (Okapi) به‌عنوان بهترین لاین و رقم برای محیط‌های نامطلوب شناسایی شدند. همچنین لاین‌های شما‌ره 3 (L201) و 8 (L119) به‌عنوان مناسب‌ترین لاین‌ها برای شرایط محیطی مطلوب شناسایی شدند.