مطالعه روابط ژنتیکی، پیش­نیازی برای اصلاح گیاهان زراعی و هم­چنین پیش­نیازی برای حفظ و نگهداری منابع ژنتیکی است. با توجه به اینکه کلزای هیبرید عملکرد بیشتری از لاین­های اینبرد دارد، لزوم تعیین تنوع ژنتیکی در این گیاه از اهمیت ویژه­ای برخوردار است در این مطالعه تنوع ژنتیکی 36 ژنوتیپ جنس Brassica با استفاده از 13 نشانگر ISSR مورد ارزیابی قرار گرفت. در مجموع 267 قطعه تکثیری امتیازدهی شدند که از این تعداد 257 مکان چند­شکلی (38/96%) نشان دادند. میانگین PIC و MI به­ترتیب 34/0 و 48/6 بدست آمد. آغازگر ISSR16 بالاترین مقدار PIC ، 4/0 را نشان داد. نتایج نشان داد که میانگین شاخص­های نشانگری شامل تنوع ژنتیکی نی، ضریب شانون، تعداد آلل موثر به­ترتیب 34/0، 51/0، 58/1 می­باشد. ترسیم تجزیه خوشه­ای با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و الگوریتم UPGMA ژنوتیپ­های مورد بررسی را به 3 گروه و3 گروه فرعی تفکیک نمود که حاکی از گروه­بندی بر اساس دو سطح پلوییدی، تتراپلویید و دیپلویید می­باشد. تنوع ژنتیکی نشان داده شده بوسیله نشانگر ISSR در این پژوهش نشان­دهنده این است که این نشانگر میتواند برای شناسایی تفاوت­های بین ­ گونه ­ ای و همچنین داخل ­ گونه ­ ای در مطالعات فیلوژنتیکی استفاده شود و به ­ منظور بررسی دقیق­تر روابط و ساختار ژنتیکی ژنوتیپ­های کلزا همزمان با بکارگیری صفات مورفولوژیکی پیشنهاد می­شود.