شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط با صفات کمی، انتخاب این صفات را در برنامه های اصلاحی آسان می کند. به منظور شناسایی رابطه نشانگرهای مولکولی AFLP با صفات زراعی وکیفی الیاف در گیاه پنبه از جمعیت نسل F4 حاصل از تلاقی دو گونه G. barbadense × G . hirusutum استفاده گردید. گیاهان در شرایط مرزعه کشت و 11 صفت زراعی و کیفی الیاف اندازه ­ گیری شدند. نتایج حاصل از تجزیه همبستگی نشانگرهای AFLP و این صفات نشان داد، 19 نشانگر با صفات کیفی الیاف و 14 نشانگر با صفات زراعی دارای رابطه معنی ­ دار مثبت و منفی می ­ باشند. نشانگرهایی که به طور معنی ­ دار با یک صفت خاص مرتبط بودند در تجزیه رگرسیون مورد استفاده قرار گرفتند. بیشترین تغییرات تبیین شده توسط نشانگرها، مربوط به طول الیاف 5/2 درصد (43%) وکمترین میزان تغییرات تبیین شده توسط نشانگرها (2/6%) و مربوط به وزن الیاف، وزن بذر و ضریب میکرونر بود که دارای یک نشانگر با رابطه معنی ­ دار در مدل مربوطه بودند. با توجه به ضرایب رگرسیون معنی­داری که این نشانگرها با صفات مورد نظر در این تحقیق داشتند می­توان از این نشانگرها در پیش­بینی و انتخاب گیاه در برنامه­های اصلاحی پنبه استفاده نمود.