وجود رنگدانه­های آنتوسیانین در برنج و سایر گیاهان عامل اصلی تولید ساقه ارغوانی رنگ محسوب می­شود. درک درست از مسیر بیوسنتزی آنتوسیانین باعث توسعه­ ابزار قدرتمندی در زمینه­ بیولوژی مولکولی و ژنتیک برنج می­شود. برای مطالعه الگوی تفرق ژن آنتوسیانین ساقه تعداد 123 تک بوته از جمعیت F2 حاصل از تلاقی 18-33 - DN / ندا A ، مورد مطالعه قرار گرفت. تک ­ بوته ­ های F2 بر اساس رنگ ساقه مورد ارزیابی و طبقه ­ بندی قرار گرفتند. تعداد بوته ­ های رنگی (ارغوانی) 83 و تعداد بوته ­ های بی رنگ 40 بوته مشاهده گردید و نسبت تفرق 1 :075/2 بدست آمد. آماره c ² برای این نسبت تفرق برابر با 48/3 بود که اختلاف معنی­داری را از نسبت تفکیک 3:1 نشان نداد. این نسبت موید کنترل تک ژنی برای صفت مذکور می­باشد. مطالعات مولکولی با استفاده از 59 نشانگر مولکولی SSR ، 28 درصد پلی مورفیسم بین والدین را نشان دادند. آنالیز لینکاژ انجام شده روی بوته­های مغلوب جمعیت F2 نشان داد که ژن آنتوسیانین ساقه روی بازوی کوتاه کروموزم شماره 6 برنج واقع بود ه و با نشانگر RM253 همبسته می باشد که در فاصله 15 سانتی مورگان از ژن مورد نظر قرار دارد.